關于藥酒的起源，說法很多，有商代、唐代、宋代、明代諸說。
我認為，藥酒至遲起源于漢代，大概更接近于歷史事實。
我國最古的藥酒釀制方，帛書《養生方》和《雜療方》(在1973年馬王堆出土)有文字記載。從《養生方》的現存文字中，可以辨識的藥酒方共有六個。
1.用麥冬(即顛棘)配合秫米等釀制的藥酒(原題：“以顛棘為漿方”治“老不起”)。
2.用黍米、稻米等制成的藥酒(“為醴方”治“老不起”)。
3.用美酒和麥X(不詳何藥)等制成的藥酒。
4.用石膏、藁本、牛膝等藥釀制的藥酒。
5.用漆和烏喙(烏頭)等藥物釀制的藥酒。
6.用漆、節(玉竹)、黍、稻、烏喙等釀制的藥酒�！峨s療方》中釀制的藥酒只有一方，即用智(何物不詳)和薜荔根等藥放入甑(古代一種炊事用蒸器)內制成醴酒。其中大多數資料已不齊，比較完整的是《養生方》“醪利中”的第二方。該方包括了整個藥酒制作過程、服用方法、功能主治等內容，是釀制藥酒工藝的最早的完整記載。
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先秦時期，中醫的發展已達到了可觀的程度，這一時期的醫學代表著作《黃帝內經》，對酒在醫學上的作用，做過專題論述。在《素問·湯液醪醴論》中，首先講述醪醴的制作“必以稻米、炊之稻薪、稻米者完、稻薪者堅”，即用完整的稻米作原料，堅勁的稻桿做燃料釀造而成，醪是濁酒，醴是甜酒。“自古圣人之作湯液醪醴者，以為備耳……中古之世，道德稍衰，邪氣時至，服之萬全”，說明古人對用酒類治病是非常重視的。《史記·扁鵲倉公列傳》中“其在腸胃，酒醪之所及也”，記載了扁鵲認為可用酒醪治療腸胃疾病的看法。
漢代，隨著中藥方劑的發展，藥酒便漸漸成為其中的一個部分，其表現是臨床應用的針對性大大加強，所以其療效也進一步得到提高，如《史記·扁鵲倉公列傳》收載了西漢名醫淳于意的二十五個醫案，這是我國目前所見最早的醫案記載，其中列舉了兩例以藥酒治病的醫案;一個是濟北王患“風蹶胸滿”病，服了淳于意配的三石藥酒，得到治愈。
另一個是苗川有個王美人患難產，淳于意用莨菪酒治愈，并產下一嬰孩。
東漢·張仲景《傷寒雜病論》中，記載有“婦人六十二種風，腹中血氣刺痛，紅蘭花酒主之”。紅蘭花功能行血活血，用酒煎更加強藥效，使氣血通暢，則腹痛自止。
此外，瓜蔞薤白白酒湯等，也是藥酒的一種劑型，借酒氣輕揚，能引藥上行，達到通陽散結，豁痰逐飲的目的，以治療胸痹。
至于他在書中記載以酒煎藥或服茯的方例，更是普遍。
宋代彭乘的《墨客揮犀》中記載：“王文正太尉氣羸多病，真宗面賜藥酒一瓶，令空腹飲之，可以和氣血辟外邪。文正飲之，大覺安健，因對稱謝。
上曰：‘此蘇合香酒也。每一斗酒以蘇合香丸一兩同煮，極能調五臟，卻腹中諸疾，每冒寒夙興，則飲一杯。’因各出數榼賜近臣。自此，臣庶之家皆效之，蘇合香丸盛行于時。
此方本出《廣濟方》，謂之白術丸。”《廣濟方》是唐玄宗開元時期的醫書�？梢姡K合香酒至遲出于唐代前期。
北魏賈思勰《齊民要求》記載：“作和酒法：酒一斗，胡椒六十枚，乾姜一分，雞舌香一份，蓽拔六枚。下篩，絹囊盛之，內酒中，一宿，蜜一升和之。”
《齊民要求》上還有一條講“笨曲餅酒”的材料，“從此酒浸五加皮、及一切藥，皆有益，神效。”這條材料透漏出一個信息，北魏時期藥酒的品種繁多，“笨曲餅酒”是制造藥酒的好原料。
我國古代有元旦飲屠蘇酒的習俗。屠蘇酒就是一種藥酒。李時珍《本草綱目》中收錄有屠蘇酒的配方，并特別注明：“陳延之《小品方》云：此華佗方也。”陳延之是晉代醫學家。華佗是東漢末年的醫學家。漢晉相距不遠，陳延之說屠蘇酒是漢末華佗發明的，應當可信。
屠蘇酒的制造方法：“用赤術、桂心七錢五分，防風一兩，菝葜五錢，蜀椒、桔梗、大黃五錢七分，烏頭二錢五分，赤小豆十四枚，以三角綠囊盛之，除夜懸井底，元旦取出置酒中煎，數沸，舉家東向從少年至長次第飲之。”從屠蘇酒的制造方法中可以看出，它完全符合藥酒的定義。
宋代竇羊的《酒譜》記載：“王莽以臘日獻椒酒于平帝，其屠蘇之漸乎?”又載：“西漢以來，臘日飲椒酒見《四民月令》。”據近人考證，《四民月令》是東漢崔實于桓帝延熹時(約公元166年)所作。椒酒應當是比屠蘇酒更早的一種藥酒。
但值得強調的是遠古時代的藥酒大多數是藥物是加入到釀酒原料中一塊發酵的，也就是藥曲，而不是象后世常用的浸漬法。
其主要原因可能是遠古時代的酒保藏不易，浸漬法容易導致酒的酸敗。藥物成份尚未溶解充分
