醬香型白酒的發酵過程以條石窖池為發酵容器，以高粱、小麥、水為原料，以酒曲、糟醅、窖泥中龐大微生物體系為保證，從而實現的固體、液體、氣體三相界面復雜的物質能量代謝交換過程。

窖泥是用于封窖和制作窖底的黏土，即糟醅在窖池內無氧發酵表層的密封設備。窖泥作為微生物的載體，發揮了十分重要的功能和作用，被稱為釀酒“微生物黃金”。窖泥的重要性體現在為釀酒微生物發酵提供適宜的環境，而微生物種群在窖池內復雜物質能量代謝過程中為白酒的生產提供源源不斷的動力。

仁懷地區的醬香型白酒發酵用窖池是由紫紅泥底砂條石窖組成。封窖用泥要求用無石塊、無雜物、無污染、含沙量低、腐殖質少的本地黃色或紫紅色粘性泥土，下沙、糙沙時使用90%左右的新泥與10%左右的老泥混合。仁懷當地紫紅泥的特性符合醬香型白酒釀酒生產過程中封窖泥使用標準。

生產實踐表明，封窖泥不僅起到窖池密封作用，而且與上層酒醅酒質有密切關系，其微生物種群數量對上層酒醅酒質起著重要的作用。循環利用的封窖泥好氧細菌、好氧芽孢細菌、嫌氣厭氧細菌、霉菌、酵母菌以及放線菌數量隨著封窖次數增加逐漸降低，而嫌氣厭氧芽孢細菌數量則是隨著封窖泥使用次數的增加而逐漸增加。若生產過程中開窖前敞窖時間不足、窖面不潔凈、霉變糟醅清理不徹底可能會導致窖泥發臭、谷殼過多、窖泥霉變等現象，針對此種情況應該采取冬季提前5～6 d 敞窖，夏季提前3～4 d 敞窖，以開窖時窖泥硬化為標準，且管窖工應當時刻注意保持窖面衛生等措施加以管理和完善。

為了提高封窖泥循環使用率，有些企業的封窖泥采用各占二分之一的新老窖泥經過浸泡、采制而成。選用粘連性強、密封性好等特點的紫紅泥，在醬香型白酒基酒生產的下沙、糙沙，入窖發酵、七次取酒的多輪次循環中使用。

石窖泥底是仁懷醬香型白酒的特色發酵容器，窖底泥是微生物的安樂窩，在復雜的物質代謝過程中為釀酒提供豐富的風味物質，如丁酸、己酸和己酸乙酯等，這些微量風味成分的形成及比例關系一定程度上決定了白酒的釀造質量品質，而窖底泥在白酒釀造過程中起到接種微生物和提供發酵環境的重要作用，從這個角度來說它也是釀酒的幕后功臣。